身体内的内分泌腺支配着身体的活动，内分泌腺分泌荷尔蒙到血液里，这些荷尔蒙借着血液的运送，分布到不同的器官，以控制身体的消化作用、身体的活力、体温和、身上的水分、身体的成长、细胞的补充、性功能等。这些内分泌腺体和七个脉轮都均有密切的关系。
脉轮控制了内分泌腺的分泌，产生许多不同的荷尔蒙，而这些荷尔蒙流入血液，影响身体所有的器官。因此脉轮以内分泌腺来控制身、心的活动，当腺体的分泌作用正常时，人的身体健康，心智安定。而当任一腺体功能失常时，也就是分泌作用不平衡时 (无论分泌太多或太少)，便会导致身、心的疾病。
1.松果体
松果体一般认为它是我们的生物时钟，它能分泌出许多微妙的荷尔蒙，且足以影响身体所有器官。目前已能分离的荷尔蒙是美拉扥宁〈Melatonin〉它可以延缓老化，增进免疫的反应，使人具有宇宙感，增加对痛苦的忍受力，减低性冲动，减少睡眠等。而且它能从环境中诸如光线、温度、湿度、磁场等条件，转化为神经内分泌的反应。
当我们睡得愈深沉的时候，松果体的分泌愈多，睡德愈熟，美拉扥宁分泌愈多。美拉扥宁由色拉扥宁〈Seratonin〉合成而来，白天时人类有意识的活动极为活跃，心灵动荡散乱，此时需要更多的色拉扥宁来供应神经细胞。而到了晚上或静坐时，情形就恰恰相反，有意识的活动变少了，因此有更多的色拉扥宁〈Seratonin〉合成为美拉扥宁。
2. 脑下垂腺
与眉心轮有关联，脑下垂体是一个非常重要的腺体，脑部直接刺激这个腺体，重生各种不同的荷尔蒙，如传达荷尔蒙的「消息」到所有身体下方的其它腺体，刺激它们执行各种不同的任务。以这种方法，脑下垂腺控制身体许多活动，例如腺体分泌、血液循环、生长和体温等。当脑下垂腺功能失常时，会产生许多疾病。而且身体会不正常的发展，或者变得很胖，或者过高，或者过于矮小。巨人症及侏儒症，就是因为脑下垂腺功能失常。
3. 甲状腺和副甲状腺
与喉轮有关联，颈部的甲状腺和副甲状腺，控制了身体新陈代谢的作用，此外也能调整身体所产生的热量和能量，促进消化及成长。若是甲状腺分泌不正常，身心的健康都会受到严重的影响。如果甲状腺分泌稍微多点，就会感到紧张、易怒等。如果分泌再多些，则会非常的神经质、出汗、颤抖、消化不良、失眠，而迅速地消瘦。反之，如果甲状腺分泌稍少些时，就会疲倦，昏昏欲睡。如果分泌过少时，则行动缓慢，脉博和心跳迟缓，体温下降，说话口齿不清，感觉迟钝，身体发胖。副甲状腺控制血液中的钙含量，负责骨胳成长的正常化。因为骨胳需要钙，此外，神经作用受血液中的钙含量影响很大。如果钙含量太少，我们会变得紧张、冲动、易怒; 如果钙含量太多，我们便会昏昏欲睡，无精打采。因此，副甲状腺对骨胳的发展和对神经系统的正常功能，都有很重要的影响。
4. 胸腺
胸腺位于心脏附近的胸骨后面，于胎儿时期最为活跃，以建立起身体的免疫系统，出生后分泌胸线生成素来增强免疫系统。其基本功能为每一个细胞打上能够辨识的记号，防止免疫细胞反抗并摧毁我们身体自己的细胞。使身体能够抵抗疾病的传染。
5. 肾上腺
与脐轮有关联，肾上腺正位于肾脏的上方，它能使身体突然产生热和能。肾上腺在紧急事情发生时，尤为重要。当一个人面临危险或急迫的事件时，如和敌人作战，解救即将溺死的小孩，逃避火灾、地震等，脑里便会送一个信号给肾上腺，而肾上腺立即运送它的分泌物(即肾上腺素)至血液中。肾上腺素能使心跳加速，血管扩张，且随着血液流入肌肉，因此肌肉能从陡增的血液中，获得更多的活能，而充分发挥工作效率。肾上腺素还会刺激汗腺，因此虽是突然的用力使身体变热，也能借着出汗来排热。此外，肾上腺素也在同时送信号到肝，使肝送出它储藏的糖到血液中，以供身体所需的额外热能。如果肾上腺素分泌过少，那么在危险、急迫时的适应能力就大大地降低了。反之，若分泌过多，则身心将一直处于紧张的状态中。
6. 胰腺
与脐轮有关联，胰腺散布于胰脏消化腺泡之间，它分泌一种消化的荷尔蒙叫做胰岛素。胰岛素可减低血液中糖的成分。如果胰岛素缺乏，血糖增高，部份则随尿排出，成糖尿，即所谓的糖尿病。反之，如果胰岛素分泌过多，则会重生血糖过低的病症，人体会有虚弱、头痛、发抖、昏眩、神经紧张，和心绪不宁的症候出现。
7. 性腺
与生殖轮有关联，性腺(卵巢或睪丸)不仅能产生卵子和精子，而互相结合繁衍后代，同时它还能分泌性荷尔蒙(性腺素)，即男性激素和女性激素。性荷尔蒙能增加男(女)性的性特征以及调整性行为的发展。男性激素能增加肌肉的能量，且使人富创造力、及积极性。而女性激素能增加身体脂肪的成份，使人富于情感，思绪细密。不论男女，在他们的体内均会产生男性激素和女性激素，不过是男性产生的男性激素多些，而女性产生的女性激素多些。当然性荷尔蒙的比例，直接关系着男子与女子的体态、思想、情绪及心理方面。如果这些性荷尔蒙的比例失常，则女性会变得男性化，而男性也会变得女性化。
人的身体可说完全受各种腺体荷尔蒙分泌所控制，每一个器官、细胞都直接受这些荷尔蒙的影响。所以，荷尔蒙分泌正常时，人体才能正常地成长，若有任何一种腺体分泌不平衡，就会引起身心两方面不同程度的疾病。中脉七轮能量疗法能使各个腺体的分泌作用趋于平衡。
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